制藥廢水處理從原理上分為物理、化學和生物方法。物理法和化學法一般用作廢水的預處理，用作去除大部分懸浮物和不溶性物質，減少后續處理符合。同時還能從中回收有利用價值的物質。例如膜分離法可以從廢水中回收金霉素，該方法即減少了廢水中的潔霉素對微生物的抑制作用，又可以回收金霉素，增加了企業的經濟效益和社會效益。生化處理技術是制藥廢水處理的重點，是一種深度處理工藝。

　　由于制藥廢水具有成分復雜、COD高且難降解的特點，采用厭氧和好氧結合的方法，提高廢水的可生化能力后，對廢水進行深度處理，具有高效、穩點，耐沖擊強的特點，能使廢水水質達到排放標準。